Markus Herten war Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Grundbau, Abfall- und Wasserwesen der Bergischen Uni, arbeitete in einem Architektur- und Ingenieurbüro und wechselte 2003 zur Bundesanstalt für Wasserbau. Dort lag seine Aufgabe als Leiter des Referates Grundbau darin, alle geotechnischen Aspekte beim Bau und bei der Gründung von Wasserbauwerken als Gutachter und Berater für die Wasser- und Schifffahrtsverwaltung des Bundes abzudecken.

Im Bereich Normung ist der 51-Jährige unter anderem in den DIN-Ausschüssen „Sicherheit im Erd- und Grundbau“ als stellvertretender Ausschussvorsitzender sowie in „Grundlagen für Entwurf, Berechnung und Bemessung von Tragwerken“ als Vertreter der Geotechnik tätig. Zudem vertritt er Deutschland auf europäischer Ebene im Normenausschuss „Evolution of 1997 series" und im European Regional Technical Committees „Evaluation of Eurocode 7“. Ebenso ist er als Mitglied diverser Arbeitskreise der Deutschen Gesellschaft für Geotechnik, zum Beispiel bei der Neuauflage der Empfehlungen des Arbeitskreises „Baugruben“, engagiert.

Hertens Forschungschwerpunkt lag zuletzt an der Schnittstelle Baugrund und zementgebundener Baustoffe, der insbesondere im Spezialtiefbau bei der Herstellung von Bohrpfählen, Schlitzwänden, Verpressankern und Düsenstrahlsäulen eine große Bedeutung zukommt. Ein Beispiel dafür ist der Einfluss von Betonkorrosion infolge aggressiven Grundwassers auf die Tragfähigkeit von Verpressankern.