Der 51-Jährige studierte Mathematik und Physik an der TU München, wo er 1999 auch promovierte. Bis 2008 leitete Dr. Bauer das IT-Service-Team des Max-Planck-Instituts für Mathematik in Bonn. Anschließend wurde er stellvertretender Direktor des Regionalen Rechenzentrums der Universität zu Köln.
Hans-Jörg Bauer fungierte außerdem als IT-Berater bei zahlreichen Einrichtungen, darunter das Deutsche Zentrum für neurodegenerative Erkrankungen in der Helmholtz-Gemeinschaft (Bonn), die Deutsche Sporthochschule (Köln) sowie die Alexander von Humboldt-Stiftung (Bonn).